Personální genomika? Je fascinující, ale zatím s výhradami

Milí čtenáři, seznam zkušeností, u nichž mám pokušení se s vámi dělit, narůstá. Jenže pokaždé, když jsem se v posledním půlroce odhodlával ke psaní, mě zavalila vlna pochybností a já stáhl ocas mezi nohy. Je tohle nejlepší téma na první blogpost po měsících mlčení? Nebude jiné téma z mého seznamu užitečnější? A hlavně: mám k němu vůbec co říct? Nejde jen o anekdotu, kterou příliš zobecňuju?

Přiznávám, že mě od psaní odrazuje taky lenost, jindy otrava z veřejného prostoru, kdy je běžné prezentovat silné názory na komplexní témata. Buď jsem chytil syndrom podvodníka, anebo jsem jen konečně zmoudřel :) Vyberte si.

Jak vidíte, žádný z námětů se nestal blogpostem; místo toho jsem typicky pokračoval v samostudiu, četl si, psal knihu (týkající se mé práce), zasportoval si, konečně si zahrál s dětma, mrkl v červených brýlích na netflixníček a šel do hajan.

Až dnes můj „blogger’s block“ prolomily jisté obavy; je tu téma, které mě baví a kterým žiju, na druhé straně cítím potřebu varovat před důsledky.

Tento rok vydáváme dvě knihy, jejichž jádro se točí kolem genetiky a jejich dopadů na naše životy. První z nich se jmenuje Kód života a napsal ji Robert Plomin, profesor behaviorální genetiky na King’s College v Londýně. Autor na napsání knížky čekal roky, protože mj. potřeboval dokončit rozsáhlou a unikátní studii na dvojčatech – pracoval na ní přes třicet let. My jsme na rukopis proto napjatě čekali, a když jsme jej loni dostali, hned jsem jej začal studovat; před pár dny jsem pročetl znovu českou verzi kvůli kontrole (a opět tím byl konsternován).

Není pochyb, že obory, které poznatky genetiky aplikují do medicíny a našich životů (např. personální genomika), jsou masivně na vzestupu. Víme o své genetické podstatě mnohem více než před padesáti lety; současně se ale denně dozvídáme o nových překážkách a neznámých, které dávají tušit, že pochopení podstaty života jsme se nějak moc nepřiblížili. Plominova skvělá knížka, jejíž české vydání právě odešlo do tisku, je o tom, že nás geny dělají tím, kým jsme – ale s mnohem větší silou, než jsme si ochotni připustit. Autor se s tím moc nepárá, jeho data nelžou. Spoustě lidí se to při povrchním pohledu líbit nebude a ani nemusí (i některé recenze to naznačují), zato my hackeři máme materiál ke zkoumání; věříme totiž, že nám naše DNA dává návod na mnohem cílenější a personálnější úpravy životního stylu. Že DNA zatím nezměníme, ale změníme to, co s námi geny dělají. Protože geny nejsou osud; byť nás formují jak sviňa.

V tomto duchu se už i já sám delší dobu zabývám testováním svého DNA. Mám k dispozici výsledky některých testů. Dnes už nestojí statisíce, ale nižší jednotky tisíc (cena závisí i na množství genů či SNPs, tzv. jednonukleotidových variací, které chcete testovat). Poslat někam stěr ze sliznic a počkat na datový soubor s vaším „genomem” je realita dneška. Dělají to miliony lidí. S výkladem toho, co pro vás váš kód znamená, je to ale složité.

Ta věta ve skutečnosti lže.

Měla by končit: je to příšerně složité.

Nechci teď zabíhat do detailů, ale shrnu to asi takto: pokud si uděláte DNA testy u různých služeb nabízejících personální genomiku a zdravotní analýzu DNA (např. u nás docela známé MyHeritage), dostanete zjednodušený předžvýkaný závěr, vyhodnocující pravděpodobnost a míru vaší snížené či zvýšené dispozice k několika konkrétním nemocem. K těm pár rysům dostanete zcela srozumitelné informace a většinou i fér rady, jak tomu porozumět.

U některých výjimečných nemocí či dispozic (např. Alzheimer) je stav poznání takový, že stačí mít jeden dva konkrétní „špatné geny” a vaše pravděpodobnost, že vám budou diagnostikovány, se násobně zvýší (proti většině populace). Předpověď není deterministická (u části lidí s danými alelami se nemoc vůbec neprojeví a naopak část lidí s diagnózou tyto alely nevlastní), přesto cosi o vypovídá, před čímsi může varovat a také vás může patřičně vyděsit.

U drtivé většiny dispozic, například u sklonu k obezitě či u psychických nemocí, se ale ukazuje, že je neovlivňuje „jeden gen”, ale desítky, stovky či dokonce tisíce alel, které se současně podílejí na ovlivňování jiných rysů. Účinek jedné pro daný rys „špatně přepnuté“ alely je mikroskopický, ale vliv mnoha konkrétně nastavených alel se může sečíst a „tlačit“ na projevení se daného tělesného či osobnostního znaku (při vyhodnocování se pak používá tzv. polygenní skóre). Takto poskládaný genetický podklad vytváří škálu (spektrum) intenzity i typu projevu daného znaku. Díky zpřesňujícím se velkým datům získaných od lidí jako jste vy nebo já dnes tedy můžeme predikovat různé vlastnosti a dispozice (sice v řádu jednotek a výjimečně nižších desítek procent, ale pořád přesněji než například jen podle rodinné historie) a v některých případech můžeme dokonce zkoušet potlačovat či posilovat projevy našeho genetického nastavení („jít genům po srsti” – úpravou jídelníčku a životního stylu, doplňky a léky). Ale pohybujeme se už v nesmírně komplexním systému o mnoha neznámých. Říká se tomu velmi tenký led.

Co mě přimělo napsat tento článek, ale není dopad těchto vysoce polygenních faktorů. Nechal jsem si udělat genetické testy v různých laboratořích. První z nich byl test sestávající z analýzy vybraných částí DNA a také mikrobiomu (genom mikrobioty mých střev) – před několika lety u MUDr. Petra Hory v dnes již legendární klinice 5PMedicine. Druhý vzorek jsem posílal do služby MyHeritage, která nabízí zjištění genetických dispozic téměř dvou desítek nejlépe geneticky zmapovaných dispozic/nemocí (primárně jsou ale zaměření na vytváření genealogie a hledání předků). Třetí vzorek jsem odeslal do startupu SelfDecode.com, který nabízí analýzu tisíců SNPs a navíc disponuje skutečně dobře vytvořenou interaktivní databází, kde se dají hledat vztahy mezi geny, SNPs, nemocemi a také nacházet tipy k tomu, jak projevy „špatných genů” buď posílit či potlačit.

Co všechno jsem o sobě zjistil? O tom tento článek taky není. Analýza je na samostatný text plný otazníků a varování, že většině závěrů v jejich komplexitě a protichůdnosti nerozumíme ani „jako lidstvo“, natož já jako pan Baránek. Některé praktické závěry jsem sice po hodinách zírání a listování v knihách vyhodnotil jako hodné vyzkoušení, na dopad nasazených opatření si musím počkat – a stejně to nebude důkaz vůbec ničeho (zvláště pak ne pro kohokoli jiného než pro mého potenciálního klona).

Co mě zdvihlo ze židle, se týká důležitého genu APOE (Apolipoprotein E). Výsledek od Petra Hory (Laboratoires REÚNIS) a od MyHeritage mě vyhodnotil jako nositele alel e3/e3, což je v podstatě pohodová kombinace, s níž si člověk nemusí dělat zásadní starosti. V případě SelfDecode jsem se ale dozvěděl něco jiného: jsem prý nositelem kombinace alel APOE e3/e4 (heterozygot). Alela „e4” je – lidovou genetičtinou řečeno – „gen pro Alzheimera”. Konkrétně to znamená, že tato alela 3x zvyšuje pravděpodobnost, že mi bude diagnostikován Alzheimer a 1.4x zvyšuje riziko srdečního selhání. „Je predikujícím faktorem pro aterosklerózu kvůli zvýšené hladině celkového cholesterolu. Navíc alela e4 byla shledána jako významný a nezávislý (na věku, pohlaví a aterosklerotickém onemocnění) prediktivní faktor pro vývoj aortální stenózy.“^[1] Mimochodem, homozygoti nosící e4/e4 mají 12x zvýšenou pravděpodobnost pozdního nástupu Alzheimera a 61x zvýšené riziko brzy projevené srdeční poruchy. ^[2] Nic moc vyhlídka.

Pokud bych si tedy udělal test jen u SelfDecode bez dalšího ověření, mohl jsem začít žít „s diagnózou”.^[3] Tyto testy ale podstupují miliony lidí…

Než jsem do testů šel, zvážil jsem samozřejmě i možnost, že se dozvím predispozice k vážným nemocem, s nimiž nebudu moci nic udělat (typicky Parkinson či Alzheimer), protože proti nim zatím není spolehlivá prevence ani lék.^[4] Vyhodnotil jsem to tak, že jsem ochoten riziko „života s vědomím nehezkého konce“ podstoupit, protože

1. zvýšené genetické riziko neznamená prognózu se 100% pravděpodobností;
2. existují jistá opatření, která pravděpodobně přece jen nástup trochu odkládají (ohledně Alzheimera např. hodně fyzické i psychické aktivity, snažit se snižovat systémový zánět, hodně a dobře spát, neboxovat :),
3. než se nemoc plně projeví, díky rychlému pokroku vědy možná už budou léky;
4. a konečně: poznání, že život, jak jej znám, může skončit každou chvíli, jsem už natrénoval na jiných situacích a žiju s tím a podle toho.

Po zjištění rozporu mezi měřeními jsem napsal do SelfDecode a zmínil se, že u MyHeritage mi vyšlo něco jiného (Laboratoires REÚNIS jsem zatím nezmiňoval). Napsali mi toto:

Thank you for reaching out to us. Yes, discrepancies like these can unfortunately happen sometimes. Some Genotyping kits are simply more accurate than others. MyHeritageDNA is not focused on Health-based SNPs in the way that SelfDecode is. They specialize more in Ancestry.

Jinými slovy: chybu na své straně vůbec nepřipustili, tu bázi špatně vyhodnotili druzí.

Níže vidíte screenshoty výsledku pro APOE ze tří zmíněných platforem:

Nahoře: výsledek pro APOE z 5PMedicine

Nahoře: výsledek pro APOE z MyHeritage

Nahoře: výsledek pro APOE ze SelfDecode

Nejen, že chyba v testu ještě prohloubila mou zdrženlivost k vyvozování velkých závěrů při běžných testech DNA (jak jsem zjistil, chybovost se obecně pohybuje kolem 0.1 %, tedy 1 z 1000 bází je přehozena^[5]), ale naštvalo mě, že ani nepřipustili chybu na své straně. Nyní čekám na to, co mi odpoví na moje doplnění, že e3/e3 mi detekovali i REÚNIS, tedy renomované laboratoře, existující od roku 1957 a vyhrávající ceny za kvalitu služeb.

Kam tím směřuju?

Je to pro mě varování a chtěl bych, aby bylo i pro vás. Může se zdát, že jedna přehozená báze nic neznamená. Kdyby se týkala nějakého bezvýznamného genu, asi bych si rozdílu vůbec nevšiml (v rámci polygenních skóre by její dopad byl asi zanedbatelný). Jenže to, že jde zrovna o tak významnou bázi s relativně závažnou prognózou, která se objeví v personálním testu za sto dolarů „pro každého”, naznačuje, že tu možná stojíme před mnohem větším problémem.

Věštím, že jedním z ústředních témat, které se bude v dalších měsících a zejména letech objevovat v této (mojí/vaší) bublině, bude právě genetika, genomika a její aplikace. O DNA a genech budete číst v médiích častěji než kdykoli předtím, a to nejen kvůli koronaviru, který by bez nejnovějších pokroků v oboru řádil ještě více, než řádí. Pochopitelně, knihu Kód života, která je tak trochu „úvodem do tématu” dědičnosti a dědivosti (zejména ve vztahu k osobnosti, psychologii a výchově), nevydáváme náhodou: jsme si vědomi masivního prohloubení poznatků v oboru v posledních pár letech – hlavně díky vývoji a zlevnění rychlých sekvenovacích metod a právě i přístupu genetiků k velkým datům od nás, běžných lidí. Čímž se kruh uzavírá: levnější a dostupnější technologie vede k rozšiřující se nabídce služeb personální genomiky, což ale způsobí nezbytně i nárůst počtu hochštaplerů, prodeje zjednodušených zázračných léků „na míru” či polopravd vydávaných za fakta, a nejspíš bohužel i podvodů a úniků dat.

Je tohle nejlepší téma na první blogpost po měsících mlčení? Nebude jiné téma z mého seznamu užitečnější? A hlavně: mám k němu vůbec co říct? Nejde jen o anekdotu, kterou příliš zobecňuju?

Nevím. Ale obor genetiky je úžasný a je v něm nejspíš jako v mnoha objevech vědy zakleta současně spása i zkáza lidstva (= jednou i každého jednoho z nás). Byla by škoda v zájmu prvního urychlovat to druhé. Dejte si v nadcházejím hajpu prostě bacha na zdroje, testy si ověřuje, čtěte knihy mistrů a ptejte se odborníků. (já jím určitě nejsem! :)